晶洞探险首先需要完成一系列前置任务以获得进入资格，这些任务在主城东侧的粉红色球附近由晶洞人NPC发布。任务流程通常包括与特定地点互动、分解物品、挖掘特定矿石、收集材料以及在指定地形击败怪物。完成这一系列任务后，玩家将获得关键的奖励，包括用于前往晶洞世界的专属飞船和船帆，以及其他实用的游戏道具，这是开启后续所有晶洞活动的基础。
进入晶洞世界后，玩家会抵达名为寻日者尖塔的主城，这里是晶洞人对抗暗影的根据地，也是探索的枢纽。晶洞内部环境特殊，无法使用常规的攻击技能或坐骑，行动需依赖钩爪等特殊装备。整个晶洞世界由多个色调与资源各异的区域构成，例如充满梦幻感的紫色调月光石窟和宛如火焰世界的橙色沉默日库，不同区域出产的水晶、燃晶、太阳精气等资源也各不相同，玩家需要根据目标选择探索路线。
晶洞探索的核心在于高效收集资源和完成主线指引，进入后应优先完成晶洞主线任务以熟悉关键操作。资源收集方面，重点目标是各类水晶、微光石、建晶等用于强化和升级的材料。在名为巢穴的特殊地点使用锤击者（也称声呐矿机）可以扫描出更多隐藏的水晶。探索时需注意区分圣物类型，光辉圣物内含有升级模组必备的关键材料，而水晶圣物通常价值较低。妥善管理氧气消耗也至关重要，因为在晶洞中挖掘资源会持续消耗氧气值。
模块升级系统是提升晶洞探索效率的核心，主要涉及万用工具、钩爪和氧气三大模块。万用工具升级后可提升挖掘速度、增加挖掘距离并解锁开采更高层级资源的能力。钩爪模块的升级能增加使用距离、减少能量消耗并赋予特殊效果，例如收集水晶后使下次钩爪不耗能。氧气模块的强化则能显著减少在不同层级晶洞中的氧气消耗。每个模块的升级都需要消耗在对应层级晶洞中收集到的特定材料组合，遵循明确的升级路径至关重要。
除了核心的探索与升级，还有一些特定的策略和收集目标需要注意。在游戏流程中会获得青铜伙伴蛋，但建议先暂缓孵化，因为完成后续主线任务会赠送另一只伙伴，同时培养它们对前期更有帮助。火焰羽毛是一种需要留意收集的特殊物品，在后期制作新的朱砂书时会用到。虽然晶洞内无法直接邀请好友组队，但玩家可以通过协调时间一同进入洞穴传送门以实现团队行动，这能提升探索的安全性和效率。
