解锁配对功能需要满足三个基本条件，拥有同种类且性别不同的成年动物、建造对应的动物房、储备足够的食物资源。配对是繁殖新动物和获取稀有品种的核心机制，玩家需将两只符合条件的动物移至同一动物房内，点击配对按钮启动繁殖流程。配对过程会消耗食物并需要等待数分钟至数小时，期间可使用特殊道具缩短时间或提高成功率，这些道具可通过完成任务或参与活动获取。
完成配对后会生成动物蛋，需在动物房内进行孵化。孵化阶段需注意动物房空位占用问题，建议选择非高峰期操作以避免影响其他动物管理。孵化期间持续供给食物能缩短等待时间，新生动物的基因属性由父母双方属性共同决定，因此优先选择高属性动物进行配对能提升后代品质。配对结果存在随机性，相同父母可能产出不同变种后代，这是获取隐藏动物的主要途径之一。
当遇到特定动物难以配对的状况时，可采用复活鸟机制辅助刷新。具体方法为携带目标动物开局后主动触发死亡，利用复活鸟重生后重复尝试，系统会概率刷新该动物的配对任务。此方法对濒危动物和隐藏物种尤为有效，但需确保动物园已解锁复活鸟功能。配对任务刷新后需在限定时间内完成，否则需要重新触发。
动物园升级会解锁更多配对相关的建筑和道具。例如高级动物房能同时进行多组配对，基因优化器可定向强化后代属性，这些设施需要优先升级以提升配对效率。建议将每日获得的部分金币投入设施改良，长期来看能显著加快动物收集进度。配对产生的稀有动物会大幅提升动物园评级，吸引更多游客从而形成资源获取的良性循环。
